Pesquisadores brasileiros criam plataforma gratuita para analisar dados de células individuais. (Foto: Instagram)
Pesquisadores da Universidade Estadual de Campinas e colaboradores criaram o CellForgeR, uma ferramenta on-line gratuita que permite analisar dados de expressão gênica em células individuais sem conhecimentos de programação. Considerada a primeira plataforma desse tipo desenvolvida no país, ela busca ampliar as possibilidades de investigação em saúde e biologia.
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A tecnologia utilizada, o sequenciamento de RNA de célula única (single-cell RNA-seq), permite identificar quais genes estão ativos em cada célula, em vez de observar apenas um conjunto de células de um tecido. Segundo Marcelo Mori, professor do Instituto de Biologia da Unicamp e participante do desenvolvimento, essa abordagem revelou, por exemplo, que os macrófagos não se limitam às categorias M1 e M2: apresentam diversos estados celulares. Também mostrou que os adipócitos, antes classificados como brancos, marrons ou beges, formam um espectro mais amplo, importante para estudar doenças metabólicas.
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Mori compara o impacto do sequenciamento de célula única ao avanço proporcionado pelo microscópio eletrônico. As duas tecnologias, afirma, permitiram observar amostras biológicas com mais precisão e mudaram a maneira de conduzir pesquisas, formular perguntas e elaborar hipóteses.
A análise de grandes volumes de dados, porém, costuma exigir conhecimentos avançados em bioinformática e computadores de alto desempenho. Diogo de Moraes, pesquisador da Universidade Estadual Paulista e um dos criadores do CellForgeR, relata que universidades dos Estados Unidos incentivam o desenvolvimento de programas para esse tipo de trabalho e que laboratórios têm acesso a ferramentas especializadas e máquinas potentes, geralmente caras. Durante o doutorado, apoiado pela Fapesp, ele passou um período na Harvard Medical School e desenvolveu uma plataforma para análise de RNA-Seq tradicional. Ao retornar ao Brasil, propôs criar uma ferramenta semelhante. A complexidade do CellForgeR levou à colaboração de especialistas em bioinformática da Unicamp, da Unesp e da Universidade de São Paulo.
A plataforma funciona no Cluster Científico do Instituto de Biologia da Unicamp e não precisa ser instalada no computador do usuário. Pelo navegador, pesquisadores podem carregar dados próprios ou consultar informações disponíveis na internet e selecionar parâmetros, tipos celulares e genes por menus e botões, sem escrever código. Moraes afirma que quem sabe usar uma planilha de Excel também pode analisar dados de células únicas.
Com o CellForgeR, questões que antes demandavam várias etapas de programação e equipamentos de alto desempenho podem ser respondidas em minutos. Um pesquisador pode, por exemplo, selecionar macrófagos de um tumor, verificar a expressão de um gene e compará-la com a de outros tipos celulares, explica Mori. A ferramenta pretende facilitar a análise de dados públicos e reduzir barreiras técnicas e financeiras. O grupo também busca formar pesquisadores no trabalho de laboratório e na análise de dados de sequenciamento de célula única, além de planejar treinamentos para cientistas de diferentes áreas.